Isnaeni bekerja sebagai Partner di Big Four Global Consulting Firm. Isnaeni memiliki pengalaman yang luas selama lebih dari 30 tahun memberikan solusi kepada berbagai entitas baik publik maupun privat, terutama terkait IT, Governance dan Transformasi bisnis khususnya pada sektor perbankan, energi, utilities dan resources.

Isnaeni banyak sekali terlibat dalam penyusunan Strategi dan juga Master Plan, diantaranya Master Plan untuk sektor Asuransi Jiwa di Indonesia, Master Plan Pengembangan Ekonomi Syariah, dan banyak lagi penugasan pembuatan Master Plan Teknologi Informasi pada Perbankan ataupun Institusi Pemerintahan.